住民税が5500円になるのはなぜですか？

なぜ扶養に入っているのに5,500円の住民税が課税されるのか？

それは、合計所得金額が一定の基準を超えると課税されるからです。税法上では、扶養の対象となるのは、合計所得金額が48万円（給与収入のみの場合は103万円）を下回る場合です。